有一天，米奇家莫明其妙地發生了一件突發案件——米奇的朋友米妮被人綁架了。米奇立刻打電話給名偵探柯南，柯南聯系了黑貓警長，一起來到了案發現場調查。

名偵探柯南和黑貓警長一來到案發現場，只見米奇正坐在地上哭哭啼啼，在門口還有兩行神秘的腳印。黑貓警長問米奇：“這一天都有誰來過你家？”米奇忍住悲憤回憶了下，認真地回答道：“早上，米妮到我家來玩。接著，唐老鴨、斑點狗和牛大伯也來到了我家拜訪，然后就回去了。我和米妮一直玩到晚上，突然，不知是停電還是被人切斷了電源，家里的燈都熄滅了，我剛要去點蠟燭，就在這時，門突然被打開，我嚇得趕緊躲到了沙發的后面，米妮卻嚇傻了，呆在原地一動也不動。接著，一個黑色人影走了進來，他長得又高又胖 …… 最后就把米妮給綁走了。”說完，米奇又哭了起來。柯南聽完后，找起了蛛絲馬跡，黑貓警長拿出通話器，命令白貓干警立即挑選出優秀的白貓隊員來到現場，準備作戰。

名偵探柯南找了一會兒，除了那些可疑的腳印，沒有發現任何可疑的東西。柯南立刻拿出神奇寶貝球，召喚出妙蛙種子和菊草葉，讓它們在房子的每個地方聞一聞，有沒有可疑的氣味，又召喚出噴火龍和鴨嘴火龍，讓它們往上方噴出小火，為房子照明。這時，白貓部隊趕到了，黑貓警長命令白貓隊員們立刻在房子外圍找一找有什么可疑的東西和可疑的人。

過了一會兒，白貓部隊雖然沒有找到什么可疑的東西，但是他帶來了三位嫌疑人，他們就是米奇的鄰居唐老鴨、斑點狗和牛大伯，經過仔細的調查和審問，他們三個都不是兇手，那誰才是真正的兇手呢？

正在大家一籌莫展的時候，黑貓警長想到了一個好主意，立即打電話到“快樂星球”，接電話的是艾克，黑貓警長連忙請艾克把他的“萬能手表”帶來用一下。

不一會兒，艾克也來到了案發現場，把“萬能手表”對準可疑腳印按了追蹤系統，“萬能手表”在一瞬間變成了“電子警犬”，照著兇手留下的氣味一路追蹤了過去，大家都隨著警犬一齊前進。不一會兒，他們來到了一個小屋外，黑貓警長命令白貓隊員立刻包圍這間小屋，進行地毯式搜索。

過了不久，白貓隊員帶出來了兩個人，一個是米妮，另一個就是那個神秘人了，他又高又胖，和米奇所形容的一模一樣。米奇一見到了米妮便激動地擁抱了上去，他心里的一塊大石頭終于落地了。

經過嚴厲地審問，知道了那個綁架米妮的人就是三年前無惡不作的黑狗集團中的老大，他原來是想綁架米妮來控制米妮當科學家的父母，為他們制造武器。經過大家的努力，黑狗集團的所有人都被抓住了，也破滅了他們的大陰謀。

為了慶祝這次勝利，米奇邀請了名偵探柯南、黑貓警長和艾克等人來到米奇妙妙屋去作客。大家都沉浸在歡樂的氣氛中。